ANOVA君/FAQ をテンプレートにして作成 - 井関龍太のページ
井関龍太のページ
ANOVA君/FAQ
をテンプレートにして作成
開始行:
ANOVA君に関するFAQのページです。
実際には，想定問答集です。
[[動作関係>ANOVA君/FAQ#wdd8472f]]
[[使っていくなかで>ANOVA君/FAQ#e5214207]]
[[豆知識>ANOVA君/FAQ#f8d49fc9]]
[[カスタマイズ>ANOVA君/FAQ#a25b830a]]
*&color(#6A5ACD){動作関係}; [#wdd8472f]
**&color(#000080){ANOVA君が動かない}; [#gdc3153d]
ANOVA君がまったく動作しない原因として考えられるのは，指定...
よくある場合としては，以下のことが考えられます。
-要因計画の型に「" "」をつけていない
-読み込んだデータフレームに被験者間要因を表すラベルが含ま...
-オプション指定する際に「T」をつけていない（例えば，「aut...
**&color(#000080){MacやLinuxで読み込みに失敗する}; [#i0e8...
MacやLinuxは，Windowsとはファイルのエンコード形式が違って...
そのため，Windowsのエンコード形式で書かれたファイルを適切...
ANOVA君のファイルはWindowsのエンコード形式で書かれていま...
具体的には，ソース関数で読み込む際に，以下のようにencodin...
> source("/user/hogehoge~/anovakun.txt", encoding = "CP9...
あるいは，ANOVA君のファイルそのものをMacやLinuxに適したエ...
※version 4.8.3からは文字コードをUTF-8，改行コードをCR+LF...
**&color(#000080){Rstudioで読み込めない}; [#jf9afca7]
RstudioでANOVA君を使う場合，ツールバーの“Code”から“Source...
このオプションでは，source.with.encoding()というRstudio独...
encodingの部分を「encoding = "CP932"」と指定すればうまく...
あるいは，source.with.encoding()ではなく，Rにデフォルトで...
※version 4.8.3からは文字コードをUTF-8，改行コードをCR+LF...
**&color(#000080){エンコーディングを指定しても読み込めな...
OS等の環境によりRのロケールが日本語以外に設定されていると...
このような場合は，Rのロケールを日本語に設定してからANOVA...
あるいは，以下のコマンドを実行してから読み込みを行うとう...
> Sys.setlocale(locale = "Japanese")
または，以下のコマンドを試してみてください。
> Sys.setlocale("LC_ALL","C")
どうしてもうまくいかないときは，ANOVA君のファイルに含まれ...
**&color(#000080){Macで出力がうまく表示されない}; [#o90d0...
Mac版のRでANOVA君を実行すると，出力が表の途中で改行される...
これは，Mac版のGUI（AQUA）のルーラー設定が狭いことによる...
手動でひとつずつルーラーを設定し直すと改行されないように...
他の手段としては，（１）techオプションを指定して表形式に...
また，AQUAを使わずに，（２）RstudioをインストールしてRstu...
anovakun 4.4.0ではこの問題は軽減したものと思われます。
*&color(#6A5ACD){使っていくなかで}; [#e5214207]
**&color(#000080){出力結果を保存したい}; [#l33c5fcc]
ANOVA君の出力結果を外部ファイルに保存したい場合は，Rのsin...
sink関数の使い方は，以下の通りです。
1. （）内にファイル名を入れて，以下のようなコードをRのコ...
> sink("任意の名前.txt")
2. 通常通り，ANOVA君を実行します。sink関数を用いた場合，...
> anovakun(dat, "AsBC", 2, 3, 2)
3. sink関数を完了するために，以下のコードを入力して，エン...
> sink()
sink関数で生成したファイルは，Rが使用している作業ディレク...
このディレクトリがどこにあるかは，getwd関数を使えばわかり...
コンソールに以下のコードを入力してエンターキーを押すと作...
> getwd()
また，sink関数を実行する際に，
> sink("clipboard")
と指定すると出力結果がクリップボードにコピーされます（た...
出力後にペースト（ctrl+v）することで，結果をエディタなど...
version 4.3.0からは“copy”機能として，クリップボードへの出...
また，ファイルに出力したい場合は，capture.output関数を使...
以下のように，capture.outputで囲む形でANOVA君を実行してく...
> capture.output(anovakun(dat, "sAB", 2, 3), file = "out...
すると，作業ディレクトリの中にfile変数で指定した名前のフ...
"output.txt"の部分は任意の名前をつけることができます。
一般に，copyオプションよりもcapture.outputのほうが高速に...
**&color(#000080){出力時に要因や水準に名前をつけたい}; [#...
ANOVA君を基本的な方法で実行した場合，要因名は大文字アルフ...
ただし，入力方法を変えることによって，任意の要因名や水準...
くわしくは，[[より高度な入力方式>ANOVA君/より高度な入力方...
**&color(#000080){３つ以上の要因の間で交互作用が見られた...
３つ以上の要因の間で交互作用が見られた場合（二次以上の交...
このような場合は，関心のある要因の水準ごとにデータを分割...
例えば，２×３×３の要因計画で３要因の交互作用が有意であっ...
Ａ要因の各水準ごとのパターンの違いに関心があるとすれば，a...
（Ｂ，Ｃ要因に関心がある場合は，それぞれ，２×３の分析を３...
anovakun 4.5.0以降では，単純効果の検定をサポートするため...
anovatanの使い方は基本的にはanovakunと同じですが，anovata...
例えば，２×３×３のAsBCデザインでA要因について分割する場合...
> anovatan(dat, "AsBC", 2, 3, 3, tfact = "A")
同様に，B要因を指定したい場合はtfactとして"B"を，C要因に...
２つ以上の要因の組み合わせについて分割したいときは，以下...
> anovatan(dat, "ABsCD", 2, 2, 2, 3, tfact = c("A", "B"))
要因に名前をつけた場合には，その名前を使って要因を指定し...
> anovatan(dat, "ABsC", WM = c("high", "low"), Trait = c...
**&color(#000080){毎回ANOVA君のファイルを読み込むのが面倒...
分析をするたびに，毎回，メニューからソースを読み込むのは...
そこで，Rを起動した際に常にANOVA君のファイルを読み込んだ...
+メニューの「ファイル」から「Rコードのソースを読み込み」...
+コンソールに表示された，「source("C:～)」というコードを...
+自分のコンピュータのRのフォルダにアクセスします（通常は...
+Rフォルダの中の「Rprofile.site」というファイルを開きます...
+「Rprofile.site」の一番下の行に先ほどコピーしたコードを...
+「Rprofile.site」を保存して，ファイルを閉じます。
これで，次回からは，Rを起動すると既にANOVA君を読み込んだ...
読み込みに成功しているかどうかは，コンソールに「anovakun...
成功していれば，ANOVA君のコードの一部が表示されます（失敗...
Mac／Linuxの場合は，デフォルトのワーキングディレクトリ（R...
なお，以上の方法でANOVA君の読み込みを自動化した場合，ANOV...
フォルダを移動させた場合は，貼り付けたソースコードを削除...
**&color(#000080){ANOVA君をワークスペースに表示させたくな...
ファイルから関数を読み込むと，通常，Rのデフォルトのワーク...
Rstudioではいま読み込んでいる関数がEnvironmentのペインに...
これを防ぐひとつの手段として，ANOVA君を隠し環境に読み込む...
１．ANOVA君を読み込む環境を作成します。
ANOVA君のファイルを読み込む前に，以下のようにコンソールに...
> .anovakun.env <- new.env()
このコードは新しいEnvironmentを宣言するもので，“.anovakun...
ただし，先頭の文字を“.（ピリオド）”にしないと隠し環境にな...
２．いま作成した隠し環境にANOVA君のファイルを読み込みます。
これには，通常のsource関数を使うのではなく，以下のようにs...
> sys.source("C:～/anovakun.txt", envir = .anovakun.env)
"C:～/anovakun.txt"の部分は自分のPCでANOVA君のファイルを...
また，envirの値は１．で宣言した隠し環境の名前に一致させる...
３．宣言した環境を使用できる状態にします。
> attach(.anovakun.env)
ここでも，かっこ内の値は１．で宣言した隠し環境の名前に一...
このようにすると，デフォルトのGlobal Environmentには何も...
Rstudioでは，Environmentのペインの“Global Environment”の...
以上の手続きを毎回実行するのが面倒な場合は，[[毎回ANOVA君...
*&color(#6A5ACD){豆知識}; [#f8d49fc9]
**&color(#000080){ANOVA君は何要因まで分析できる？}; [#h66...
ANOVA君（version 4.0.0以降）は，仕様上は26要因まで分析可...
この制限は，要因を表すラベルとしてアルファベット26文字を...
具体的には，RのLETTERSとlettersという引数（関数？）を用い...
この引数には27文字目以降は存在しないので，27以上の要因を...
ラベルの扱いを変更すれば27要因以上の分析も可能になること...
しかし，現実的には，27要因以上の分散分析を行う機会はほと...
第一に，それだけ多数の要因がある計画では，交互作用がほと...
それほど多数の要因を扱うような場合には，何らかの多変量解...
第二に，ANOVA君は確かに仕様上は26要因までの計画に対応して...
具体的な計画の形にもよりますが，大体５～６要因あたりでメ...
メモリの不足によりストップした場合は，多重比較の方法とし...
**&color(#000080){adj.pとは？}; [#qeda866b]
ANOVA君（バージョン3.0.0以降）では，多重比較の結果の出力...
これは「[[調整済みｐ値（adjusted p-value）>認知的断想/調...
多くの多重比較法は，ファミリーワイズの（多重比較全体での...
Bonferroni系の方法では，比較の回数や型に応じて有意水準を...
調整済みｐ値は，この多重比較のための調整を反映した値です。
（ちなみに，Tukey法などについても，調整済みｐ値を計算する...
ただし，調整済みｐ値は，それ自体は確率ではなく，単に有意...
したがって，調整済みｐ値は１になることがありますが，これ...
また，各比較についての調整済みｐ値が，例えば，0.009，0.02...
多重比較の有意水準をα＝0.01と設定するなら最初の帰無仮説の...
つまり，個々の調整済みｐ値が個々の単一の比較についての情...
----
Westfall, P. H. (1997). Multiple testing of general contr...
Wright, S. P. (1992). Adjusted p-values for simultaneous ...
**&color(#000080){なぜ水準を予め入れ子状に並べておくのか}...
ANOVA君で分析するデータは，水準ごとに予め整理して並べてお...
これは，関数の中で水準の並べ替えを行ってしまうと，もとの...
例えば，被験者間要因の水準ラベルとして“study”，“restudy”...
ANOVA君では，さらに，このラベルを“a1”，“a2”，“a3”などのラ...
また，被験者内要因の水準を区別するには，現在の仕様で入力...
これらの点を鑑みて，ANOVA君は，予め並べ替えの行われたデー...
*&color(#6A5ACD){カスタマイズ}; [#a25b830a]
**&color(#000080){多重比較の有意水準を変えたい}; [#pe3c8d...
ANOVA君の多重比較の際の有意水準は，デフォルトでは，５％に...
調整済みｐ値を出力する際には（デフォルト），多重比較全体...
調整後の有意水準を表示する場合には（「criteria」オプショ...
この有意水準を他の値に変えたい場合は，ファイルの一部を書...
ANOVA君のファイルの中にmod.Bon関数（多重比較を行なう関数...
mod.Bon <- function(dat, design, taref, bet.mse, ..., al...
この中で，「alpha = 0.05」という部分が有意水準を設定する...
この0.05という値を例えば0.01に書き換えれば，有意水準を１...
書き換えたファイルは，「上書き保存」か「名前をつけて保存...
この保存後のファイルを改めてRに読み込むことで（「ソース」...
有意水準がうまく設定されたかどうかは，結果の出力の際のプ...
通常は，多重比較の結果の箇所には，
== Alpha level is 0.05. ==
と表示されています。
変更がうまくいっていれば，この部分が
== Alpha level is 0.01. ==
のように変更後の値になるはずです。
**&color(#000080){信頼区間の信頼水準を変えたい}; [#n371ed...
ANOVA君のデフォルトの信頼区間の水準は95％に設定されていま...
一般には95％の信頼区間を扱うことが多いと思いますが，90％...
このような場合は，ANOVA君のファイルの一部を変更してくださ...
以下のように，ANOVA君のファイルの中には信頼区間を計算する...
ci.calc <- function(dat, design, factnames = NA, conf.le...
この中の「conf.level = 0.95」の数値を変更したい信頼水準の...
たとえば，90％信頼区間を計算するように変更するのであれば...
変更したファイルは，「上書き保存」か「名前をつけて保存」...
保存後のファイルを再度Rに読み込むことによって（「ソース」...
信頼水準の変更が有効になったかどうかは，信頼区間を出力す...
通常は，信頼区間の出力を指定すると，以下のような表示が出...
== 95% confidence intervals are calculated. ==
変更が有効である場合には，この部分に変更後の値が表示され...
== 90% confidence intervals are calculated. ==
**&color(#000080){交互作用が有意でない場合にも単純主効果...
ANOVA君は，交互作用が有意であった場合にのみ単純主効果の検...
一般的には，これが統計的に適切な方針であると思われますが...
ANOVA君は水準別誤差項に基づく単純主効果の検定を行うので，...
しかし，多数回の繰り返し計算の中に組み込んで使いたい場合...
そこで，ここでは，ANOVA君のファイルの一部を書き換えて，交...
ANOVA君のファイルの中には，下位検定の設定を行うためのpost...
この関数には，以下のような一行があります。
sig.source <- internal.lab[!((anovatab$sig.col == "") | ...
常に単純主効果の検定を行うようにするには，この部分を以下...
sig.source <- internal.lab[-c(grep("s", internal.lab), g...
書き換えたファイルは，「上書き保存」か「名前をつけて保存...
この保存後のファイルを改めてRに読み込むことで（「ソース」...
あるいは，anovatanを使ってデータを分割する要因を指定して...
**&color(#000080){R以外のソフトウェアからANOVA君を使うに...
最近の統計ソフトウェアには，Rと連携して使用できるものがあ...
これらのソフトウェアを通してRを起動することで，他のソフト...
PythonやJuliaからANOVA君を呼び出す試みもなされています。
[[PythonからANOVA君を使う>https://qiita.com/issakuss/item...
[[JuliaからRCallを使ってANOVA君を呼び出す>http://marui.ha...
終了行:
ANOVA君に関するFAQのページです。
実際には，想定問答集です。
[[動作関係>ANOVA君/FAQ#wdd8472f]]
[[使っていくなかで>ANOVA君/FAQ#e5214207]]
[[豆知識>ANOVA君/FAQ#f8d49fc9]]
[[カスタマイズ>ANOVA君/FAQ#a25b830a]]
*&color(#6A5ACD){動作関係}; [#wdd8472f]
**&color(#000080){ANOVA君が動かない}; [#gdc3153d]
ANOVA君がまったく動作しない原因として考えられるのは，指定...
よくある場合としては，以下のことが考えられます。
-要因計画の型に「" "」をつけていない
-読み込んだデータフレームに被験者間要因を表すラベルが含ま...
-オプション指定する際に「T」をつけていない（例えば，「aut...
**&color(#000080){MacやLinuxで読み込みに失敗する}; [#i0e8...
MacやLinuxは，Windowsとはファイルのエンコード形式が違って...
そのため，Windowsのエンコード形式で書かれたファイルを適切...
ANOVA君のファイルはWindowsのエンコード形式で書かれていま...
具体的には，ソース関数で読み込む際に，以下のようにencodin...
> source("/user/hogehoge~/anovakun.txt", encoding = "CP9...
あるいは，ANOVA君のファイルそのものをMacやLinuxに適したエ...
※version 4.8.3からは文字コードをUTF-8，改行コードをCR+LF...
**&color(#000080){Rstudioで読み込めない}; [#jf9afca7]
RstudioでANOVA君を使う場合，ツールバーの“Code”から“Source...
このオプションでは，source.with.encoding()というRstudio独...
encodingの部分を「encoding = "CP932"」と指定すればうまく...
あるいは，source.with.encoding()ではなく，Rにデフォルトで...
※version 4.8.3からは文字コードをUTF-8，改行コードをCR+LF...
**&color(#000080){エンコーディングを指定しても読み込めな...
OS等の環境によりRのロケールが日本語以外に設定されていると...
このような場合は，Rのロケールを日本語に設定してからANOVA...
あるいは，以下のコマンドを実行してから読み込みを行うとう...
> Sys.setlocale(locale = "Japanese")
または，以下のコマンドを試してみてください。
> Sys.setlocale("LC_ALL","C")
どうしてもうまくいかないときは，ANOVA君のファイルに含まれ...
**&color(#000080){Macで出力がうまく表示されない}; [#o90d0...
Mac版のRでANOVA君を実行すると，出力が表の途中で改行される...
これは，Mac版のGUI（AQUA）のルーラー設定が狭いことによる...
手動でひとつずつルーラーを設定し直すと改行されないように...
他の手段としては，（１）techオプションを指定して表形式に...
また，AQUAを使わずに，（２）RstudioをインストールしてRstu...
anovakun 4.4.0ではこの問題は軽減したものと思われます。
*&color(#6A5ACD){使っていくなかで}; [#e5214207]
**&color(#000080){出力結果を保存したい}; [#l33c5fcc]
ANOVA君の出力結果を外部ファイルに保存したい場合は，Rのsin...
sink関数の使い方は，以下の通りです。
1. （）内にファイル名を入れて，以下のようなコードをRのコ...
> sink("任意の名前.txt")
2. 通常通り，ANOVA君を実行します。sink関数を用いた場合，...
> anovakun(dat, "AsBC", 2, 3, 2)
3. sink関数を完了するために，以下のコードを入力して，エン...
> sink()
sink関数で生成したファイルは，Rが使用している作業ディレク...
このディレクトリがどこにあるかは，getwd関数を使えばわかり...
コンソールに以下のコードを入力してエンターキーを押すと作...
> getwd()
また，sink関数を実行する際に，
> sink("clipboard")
と指定すると出力結果がクリップボードにコピーされます（た...
出力後にペースト（ctrl+v）することで，結果をエディタなど...
version 4.3.0からは“copy”機能として，クリップボードへの出...
また，ファイルに出力したい場合は，capture.output関数を使...
以下のように，capture.outputで囲む形でANOVA君を実行してく...
> capture.output(anovakun(dat, "sAB", 2, 3), file = "out...
すると，作業ディレクトリの中にfile変数で指定した名前のフ...
"output.txt"の部分は任意の名前をつけることができます。
一般に，copyオプションよりもcapture.outputのほうが高速に...
**&color(#000080){出力時に要因や水準に名前をつけたい}; [#...
ANOVA君を基本的な方法で実行した場合，要因名は大文字アルフ...
ただし，入力方法を変えることによって，任意の要因名や水準...
くわしくは，[[より高度な入力方式>ANOVA君/より高度な入力方...
**&color(#000080){３つ以上の要因の間で交互作用が見られた...
３つ以上の要因の間で交互作用が見られた場合（二次以上の交...
このような場合は，関心のある要因の水準ごとにデータを分割...
例えば，２×３×３の要因計画で３要因の交互作用が有意であっ...
Ａ要因の各水準ごとのパターンの違いに関心があるとすれば，a...
（Ｂ，Ｃ要因に関心がある場合は，それぞれ，２×３の分析を３...
anovakun 4.5.0以降では，単純効果の検定をサポートするため...
anovatanの使い方は基本的にはanovakunと同じですが，anovata...
例えば，２×３×３のAsBCデザインでA要因について分割する場合...
> anovatan(dat, "AsBC", 2, 3, 3, tfact = "A")
同様に，B要因を指定したい場合はtfactとして"B"を，C要因に...
２つ以上の要因の組み合わせについて分割したいときは，以下...
> anovatan(dat, "ABsCD", 2, 2, 2, 3, tfact = c("A", "B"))
要因に名前をつけた場合には，その名前を使って要因を指定し...
> anovatan(dat, "ABsC", WM = c("high", "low"), Trait = c...
**&color(#000080){毎回ANOVA君のファイルを読み込むのが面倒...
分析をするたびに，毎回，メニューからソースを読み込むのは...
そこで，Rを起動した際に常にANOVA君のファイルを読み込んだ...
+メニューの「ファイル」から「Rコードのソースを読み込み」...
+コンソールに表示された，「source("C:～)」というコードを...
+自分のコンピュータのRのフォルダにアクセスします（通常は...
+Rフォルダの中の「Rprofile.site」というファイルを開きます...
+「Rprofile.site」の一番下の行に先ほどコピーしたコードを...
+「Rprofile.site」を保存して，ファイルを閉じます。
これで，次回からは，Rを起動すると既にANOVA君を読み込んだ...
読み込みに成功しているかどうかは，コンソールに「anovakun...
成功していれば，ANOVA君のコードの一部が表示されます（失敗...
Mac／Linuxの場合は，デフォルトのワーキングディレクトリ（R...
なお，以上の方法でANOVA君の読み込みを自動化した場合，ANOV...
フォルダを移動させた場合は，貼り付けたソースコードを削除...
**&color(#000080){ANOVA君をワークスペースに表示させたくな...
ファイルから関数を読み込むと，通常，Rのデフォルトのワーク...
Rstudioではいま読み込んでいる関数がEnvironmentのペインに...
これを防ぐひとつの手段として，ANOVA君を隠し環境に読み込む...
１．ANOVA君を読み込む環境を作成します。
ANOVA君のファイルを読み込む前に，以下のようにコンソールに...
> .anovakun.env <- new.env()
このコードは新しいEnvironmentを宣言するもので，“.anovakun...
ただし，先頭の文字を“.（ピリオド）”にしないと隠し環境にな...
２．いま作成した隠し環境にANOVA君のファイルを読み込みます。
これには，通常のsource関数を使うのではなく，以下のようにs...
> sys.source("C:～/anovakun.txt", envir = .anovakun.env)
"C:～/anovakun.txt"の部分は自分のPCでANOVA君のファイルを...
また，envirの値は１．で宣言した隠し環境の名前に一致させる...
３．宣言した環境を使用できる状態にします。
> attach(.anovakun.env)
ここでも，かっこ内の値は１．で宣言した隠し環境の名前に一...
このようにすると，デフォルトのGlobal Environmentには何も...
Rstudioでは，Environmentのペインの“Global Environment”の...
以上の手続きを毎回実行するのが面倒な場合は，[[毎回ANOVA君...
*&color(#6A5ACD){豆知識}; [#f8d49fc9]
**&color(#000080){ANOVA君は何要因まで分析できる？}; [#h66...
ANOVA君（version 4.0.0以降）は，仕様上は26要因まで分析可...
この制限は，要因を表すラベルとしてアルファベット26文字を...
具体的には，RのLETTERSとlettersという引数（関数？）を用い...
この引数には27文字目以降は存在しないので，27以上の要因を...
ラベルの扱いを変更すれば27要因以上の分析も可能になること...
しかし，現実的には，27要因以上の分散分析を行う機会はほと...
第一に，それだけ多数の要因がある計画では，交互作用がほと...
それほど多数の要因を扱うような場合には，何らかの多変量解...
第二に，ANOVA君は確かに仕様上は26要因までの計画に対応して...
具体的な計画の形にもよりますが，大体５～６要因あたりでメ...
メモリの不足によりストップした場合は，多重比較の方法とし...
**&color(#000080){adj.pとは？}; [#qeda866b]
ANOVA君（バージョン3.0.0以降）では，多重比較の結果の出力...
これは「[[調整済みｐ値（adjusted p-value）>認知的断想/調...
多くの多重比較法は，ファミリーワイズの（多重比較全体での...
Bonferroni系の方法では，比較の回数や型に応じて有意水準を...
調整済みｐ値は，この多重比較のための調整を反映した値です。
（ちなみに，Tukey法などについても，調整済みｐ値を計算する...
ただし，調整済みｐ値は，それ自体は確率ではなく，単に有意...
したがって，調整済みｐ値は１になることがありますが，これ...
また，各比較についての調整済みｐ値が，例えば，0.009，0.02...
多重比較の有意水準をα＝0.01と設定するなら最初の帰無仮説の...
つまり，個々の調整済みｐ値が個々の単一の比較についての情...
----
Westfall, P. H. (1997). Multiple testing of general contr...
Wright, S. P. (1992). Adjusted p-values for simultaneous ...
**&color(#000080){なぜ水準を予め入れ子状に並べておくのか}...
ANOVA君で分析するデータは，水準ごとに予め整理して並べてお...
これは，関数の中で水準の並べ替えを行ってしまうと，もとの...
例えば，被験者間要因の水準ラベルとして“study”，“restudy”...
ANOVA君では，さらに，このラベルを“a1”，“a2”，“a3”などのラ...
また，被験者内要因の水準を区別するには，現在の仕様で入力...
これらの点を鑑みて，ANOVA君は，予め並べ替えの行われたデー...
*&color(#6A5ACD){カスタマイズ}; [#a25b830a]
**&color(#000080){多重比較の有意水準を変えたい}; [#pe3c8d...
ANOVA君の多重比較の際の有意水準は，デフォルトでは，５％に...
調整済みｐ値を出力する際には（デフォルト），多重比較全体...
調整後の有意水準を表示する場合には（「criteria」オプショ...
この有意水準を他の値に変えたい場合は，ファイルの一部を書...
ANOVA君のファイルの中にmod.Bon関数（多重比較を行なう関数...
mod.Bon <- function(dat, design, taref, bet.mse, ..., al...
この中で，「alpha = 0.05」という部分が有意水準を設定する...
この0.05という値を例えば0.01に書き換えれば，有意水準を１...
書き換えたファイルは，「上書き保存」か「名前をつけて保存...
この保存後のファイルを改めてRに読み込むことで（「ソース」...
有意水準がうまく設定されたかどうかは，結果の出力の際のプ...
通常は，多重比較の結果の箇所には，
== Alpha level is 0.05. ==
と表示されています。
変更がうまくいっていれば，この部分が
== Alpha level is 0.01. ==
のように変更後の値になるはずです。
**&color(#000080){信頼区間の信頼水準を変えたい}; [#n371ed...
ANOVA君のデフォルトの信頼区間の水準は95％に設定されていま...
一般には95％の信頼区間を扱うことが多いと思いますが，90％...
このような場合は，ANOVA君のファイルの一部を変更してくださ...
以下のように，ANOVA君のファイルの中には信頼区間を計算する...
ci.calc <- function(dat, design, factnames = NA, conf.le...
この中の「conf.level = 0.95」の数値を変更したい信頼水準の...
たとえば，90％信頼区間を計算するように変更するのであれば...
変更したファイルは，「上書き保存」か「名前をつけて保存」...
保存後のファイルを再度Rに読み込むことによって（「ソース」...
信頼水準の変更が有効になったかどうかは，信頼区間を出力す...
通常は，信頼区間の出力を指定すると，以下のような表示が出...
== 95% confidence intervals are calculated. ==
変更が有効である場合には，この部分に変更後の値が表示され...
== 90% confidence intervals are calculated. ==
**&color(#000080){交互作用が有意でない場合にも単純主効果...
ANOVA君は，交互作用が有意であった場合にのみ単純主効果の検...
一般的には，これが統計的に適切な方針であると思われますが...
ANOVA君は水準別誤差項に基づく単純主効果の検定を行うので，...
しかし，多数回の繰り返し計算の中に組み込んで使いたい場合...
そこで，ここでは，ANOVA君のファイルの一部を書き換えて，交...
ANOVA君のファイルの中には，下位検定の設定を行うためのpost...
この関数には，以下のような一行があります。
sig.source <- internal.lab[!((anovatab$sig.col == "") | ...
常に単純主効果の検定を行うようにするには，この部分を以下...
sig.source <- internal.lab[-c(grep("s", internal.lab), g...
書き換えたファイルは，「上書き保存」か「名前をつけて保存...
この保存後のファイルを改めてRに読み込むことで（「ソース」...
あるいは，anovatanを使ってデータを分割する要因を指定して...
**&color(#000080){R以外のソフトウェアからANOVA君を使うに...
最近の統計ソフトウェアには，Rと連携して使用できるものがあ...
これらのソフトウェアを通してRを起動することで，他のソフト...
PythonやJuliaからANOVA君を呼び出す試みもなされています。
[[PythonからANOVA君を使う>https://qiita.com/issakuss/item...
[[JuliaからRCallを使ってANOVA君を呼び出す>http://marui.ha...
ページ名:
